Jak stworzyć mikropanoramę ze zdjęć mikroskopowych?

W mikroskopii bardzo często zdarza się, że pole widzenia mikroskopu przy interesującym nas powiększeniu nie obejmuje w całości interesującego nas fragmentu preparatu. W takiej sytuacji możemy wykorzystać funkcję oprogramowania DLTCam Viewer kamer DLT-CAM PROmikropanoramę.

Oprogramowanie DLTCam Viewer pozwala na tworzenie mikropanoram w dwóch trybach:

  • z wcześniej wykonanych zdjęć
  • w trybie live view

Aby wykonać zdjęcie w obu trybach kluczowe jest po ustawieniu balansu bieli i czasu ekspozycji przejście w tryb manualny, tak aby kolejne kadry miały takie same warunki naświetlenia i ustawienia balansu bieli.

Ustawianie czasu ekspozycji i balansu bieli.
  1. Tworzenie mikropanoramy z wcześniej wykonanych zdjęć.

Aby utworzyć mikropanoramę z wcześniej wykonanych zdjęć należy wykonać serię zdjęć, których kadry będą się nakładać co najmniej w 30%:

Cztery pojedyncze ujęcia obejmujące kolejne fragmenty preparatu.

Następnie w oprogramowaniu w zakładce Przetwarzaj wybieramy Zszywanie i w oknie dialogowym wskazujemy zdjęcia, z których oprogramowanie ma złożyć mikropanoramę:

Podgląd programu DLTCam Viwer z widocznym oknem dialogowym.

Po zakończeniu zszywania otrzymujemy zdjęcie wynikowe:

Zdjęcie wynikowe powstałe z zszycia 4 zdjęć.

Na zdjęciu wynikowym mogą pojawić się na brzegach zaciemnienia w postaci schodów, które wynikają z nierównoległego przesuwu preparatu. Możemy je wyeliminować przycinając zdjęcie w oprogramowaniu:

2. Tworzenie mikropanoramy z trybie live view.

Mikropanoramę możemy także tworzyć w trybie live view. Po ustawieniu czasu ekspozycji i balansu bieli należy wybrać Zszywanie, a program pokaże kadr na tle szachownicy do którego przy przesuwaniu preparatu będą doszywane kolejne fragmenty zdjęcia:

Preparat na stoliku należy przesuwać powoli, tak aby okno referencyjne miało kolor zielony. Jeżeli będziemy przesuwać za szybko, oprogramowanie może mieć problem z dopasowywaniem kolejnych elementów i będzie nam to sygnalizowało ramką o żółtym kolorze. Jeżeli algorytmy na skutek szybkiego przesuwu zgubią części wspólne obramowanie będzie miało kolor czerwony i operację zszywania trzeba będzie zacząć od początku:

3. Wykorzystanie mikropanoram.

Funkcja mikropanoram pozwala na tworzenie obrazów większych fragmentów preparatu niż pole widzenia mikroskopu przy wybranym powiększeniu, ale także na tworzenie zdjęć o większej rozdzielczości niż rozdzielczość posiadanej kamery.

Wszystkie zdjęcia w artykule zostały wykonane pod obiektywem 4x mikroskopem DO Proteone i kamerą DLT-CAM PRO 2 MP USB 2.0

Do czego służy kondensor mikroskopu?

Kondensor mikroskopu to element optyczny mikroskopu znajdujący się pomiędzy źródłem światła a obiektywem. Zadaniem kondensora jest zapewnienie równomiernego oświetlenia preparatu.

Kondensor w mikroskopie Genetic Pro Trino.

W prostych mikroskopach edukacyjnych posiadających obiektywy o małych i średnich powiększeniach ( do 40x) kondensor najczęściej składa się z jednej soczewki umieszczonej bezpośrednio w stoliku i nie ma możliwości regulacji jej położenia względem preparatu.

Kondensor w stoliku mikroskopu DO Biolight 500.

W mikroskopach z obiektywami o dużym powiększeniu ( powyżej 40x) kondensor jest układem optyczny, składającym się z 2 soczewek. Taka budowa kondensora została opracowana przez Ernesta Abbego w 1872 roku. Kondensor Abbego umieszczony jest pod stolikiem w uchwycie kondensora, który posiada możliwość zmiany położenia kondensora względem preparatu. Dodatkowo w kondensorze znajduje się przysłona irysowa, która reguluje średnicę strumienia światła padającego na preparat. Przesłona ta nosi nazwę przesłony aperturowej i służy do dopasowywania apertury numerycznej kondensora do aktualnie używanego obiektywu. Regulacja przysłony aperturowej dokonuje się poprzez dźwignię lub pierścień. W kondensorze bardzo często znajduje się uchwyt na filtry barwne. Taka budowa kondensora jest w np. w mikroskopie z serii Genetic Pro.

Kondensor jasnego pola mikroskopu Genetic Pro.

Niektóre mikroskopy na kondensorze mają wyskalowaną aperturę dla poszczególnych obiektywów np w ProteOne, Evolution100, Nexcope NE610 i Nexcope NE620

W kondensorach mikroskopów Nexcope znajdują się specjalne otwory na wsuwki z ciemnym polem i kontrastem fazowym

Wsuwka kondensora używana w mikroskopach Nexcope (widoczne gniazdo do jasnego pola BF i gniazdo do ciemnego pola DF)
Wsuwka kondensora używana w mikroskopach Nexcope do kontrastu fazowego (widoczne gniazdo do jasnego pola oraz gniazda do kontrastu fazowego dla obiektywu 100x oraz dla obiektywów 10/20/40x)

W mikroskopach badawczych o dużym polu widzenia ( np. w mikroskopie L-1000 ) znajduje się kondensor Abbego z dodatkową uchylną soczewką czołową. W przypadku korzystania z obiektywów o małych powiększeniach ( 2x,4x) soczewka uchylna jest usuwana z toru optycznego, a przy korzystaniu z obiektywów o powiększeniu powyżej 4x soczewka jest wprowadzana w tor optyczny.

Właściwe ustalenie wysokości kondensora i średnicy otwarcia przesłony aperturowej do używanego obiektywu zdecydowanie wpływa na jakoś obrazu mikroskopowego: na jego kontrast, rozdzielczość i głębię ostrości.

Aby ustawić właściwą wysokość kondensora należy przejść przez poniższa procedurę:

1.pod wybranym obiektywem ustawiamy ostry obraz preparatu.

2. Kładziemy cienki nieprzezroczysty przedmiot np. folię aluminiową, wizytówkę na górnej soczewce oświetlacza (kolektora), tak by zasłaniał mniej więcej połowę obrazu.

3. Zmniejszamy średnicę przysłony aperturowej dźwignią lub pierścieniem regulacji przysłony aperturowej.

4. Obracając pokrętłem ustawiania wysokości kondensora wybieramy taką wysokość,
aby obserwowana przez okular krawędź obiektu na kondensorze (np. folii) była ostra
przy jednoczesnym ostrym obrazie preparatu.

Po ustawieniu prawidłowej wysokość kondensora należy ustawić właściwą średnicę światła
przysłony aperturowej. Aby zaobserwować obraz apertury (ostre brzegi przysłony aperturowej) należy wysunąć okular z tubusu okularowego i popatrzeć bezpośrednio w tubus. Najlepiej wcześniej w tym celu zmniejszyć intensywność oświetlenia. Dla każdego obiektywu należy tak ustawić średnicę irysowej przysłony aperturowej, aby patrząc w tubus okularowy po wyjęciu okularu, stanowiła ona ok.70-80% średnicy pola widzenia.

Prawidłowe ustawienie otwarcia przysłony aperturowej kondensora.

Jeśli średnica apertury kondensora jest zbyt mała, wtedy zdolność rozdzielcza jest również mała. Przysłonę otwieramy szerzej, gdy potrzebujemy oglądać preparat w niskim kontraście, z mniejszą głębią ostrości i dużą jasnością.
Opisane powyżej szczegóły budowy kondensorów dotyczą kondensorów jasnego pola w mikroskopach w układzie prostym. Na szczególną uwagę zasługują kondensory do technik kontrastowych ( ciemnego pola czy kontrastu fazowego). W przypadku kondensora ciemnego pola w centrum apertury kondensora jest umieszczony okrągły dysk, który blokuje światło ze środka pęku światła wychodzącego z oświetlacza.

W przypadku techniki kontrastu fazowego stosuje się specjalne kondensory tarczowe. Kondensor tarczowy posiada specjalną tarczę na której umieszczone są gniazda dla każdego z obiektywów z pierścieniową przysłoną stosowana w kontraście fazowym. Dodatkowo na tarczy umieszczone jest gniazdo do jasnego pola ( bez przysłon), a często gniazdo do ciemnego pola.

Kondensor tarczowy używany w mikroskopach ProteOne do kontrastu fazowego- widok od spodu (widoczne gniazda do kontrastu fazowego dla różnych obiektywów fazowych oraz gniazdo do jasnego pola)

Więcej o technice:

– ciemnego pola na https://blog.mikroskopia.com/techniki-obserwacji-ciemne-pole/

– kontrastu fazowego na https://blog.mikroskopia.com/mikroskop-biologiczny-kontrast-fazowy/